Cara Varanasy,
andiamo per ordine. Non ti nascondiamo che, messo in questi termini, il racconto sul certificato medico lascia alquanto perplessi. Prima cosa perché uno stage, è sempre bene ribadirlo, non rappresenta un rapporto di lavoro ma un periodo formativo, dunque è di per sé fuori luogo contestare l'assenza di un giorno per malattia, per di più attestata tramite certificato medico che non saresti neppure tenuta a presentare. Negli stage i casi sono due: per le assenze o non è previsto nulla oppure la regolamentazione delle stesse si formalizza nella convezione di stage, stabilendo per esempio un tetto massimo consentito. E tutto lascia supporre, ragionando per buon senso, che quell'assenza per malattia, come tale imprevedibile, sia un tuo diritto, senza comportare nessuna necessità di recupero delle ore a meno che non sia esplicitamente previsto nella convenzione di stage. A scanso di equivoci però (come redazione di un giornale, per le questioni troppo tecniche, per cui andrebbe interpellato un giuslavorista, non possiamo addentrarci troppo nel dettaglio o dare risposte certe) ci riserviamo di utilizzare il condizionale. Ci eravamo anche occupati di recente della possibilità che uno stage venisse perfino interrotto ad esempio dopo un infortunio, ma in circostanze ben più gravi in cui l'assenza si prolungasse per un lungo periodo (vedi qui: http://www.repubblicadeglistagisti.it/article/infortuni-stagisti-ente-ospitante-puo-interrompere-rapporto). Per quanto riguarda il rimborso spese puoi invece leggere qui: http://www.repubblicadeglistagisti.it/article/stage-che-succede-al-rimborso-spese-in-caso-di-assenza-per-malattia-o-interruzione-anticipata.
Quanto alla proroga: sì, è legale perché la durata massima dello stage è di dodici mesi proroghe comprese nello stesso soggetto ospitante. Teoricamente, ciò dovrebbe costituire un'eccezione, per esempio in caso il percorso formativo non sia stato per qualche ragione completato; ma capita che venga utilizzato come "procedura standard", tanto che in alcuni annunci di ricerca stagisti c'è addirittura indicata la durata 3+3 o 6+6. Si parla di "proroga" quando solitamente sussistono contemporaneamente tre condizioni: che il soggetto ospitante resti il medesimo, che lo stage prosegua senza soluzione di continuità e che la convenzione di stage con annesso progetto formativo non cambi (cioè che settore di inserimento dello stagista, nominativo del tutor aziendale e percorso formativo restino immutati). La ratio della proroga è che i tre protagonisti dello stage (soggetto promotore, soggetto ospitante e stagista) concordino che per qualche motivo il tempo inizialmente previsto per lo stage non sia stato sufficiente al tirocinante per svolgere appieno il percorso formativo, e vi sia dunque bisogno di altro tempo. Ovviamente, come è facilmente intuibile, questa motivazione talvolta è solo di facciata, e viene usata più o meno onestamente dalle aziende per poter trattenere una risorsa che ritengono valida ma a cui, per ragioni contingenti, non hanno la possibilità di offrire un vero contratto di lavoro. Nei casi degli esercizi commerciali poi, il discorso è ancora più complesso perché se è già piuttosto discutibile che sia necessario inserire stagisti (la formazione è alla base di un tirocinio, e non è così pacifico che per fare il mestiere di commesso o venditore sia necessario formarsi), il tirocinio diventa poco credibile quando arriva addirittura all'anno. Più facile pensare che dietro ci sia un'azienda poco corretta che utilizza lavoro sottopagato mascherandolo con gli stage. E siccome dodici mesi di stage per imparare a fare la commessa sono un'enormità se credi potresti anche segnalare l'abuso alla Direzione territoriale del lavoro a te più vicina. Puoi verificare anche qui tutte le info sugli stage: http://www.repubblicadeglistagisti.it/article/best-stage-2015-ai-blocchi-di-partenza.
Speriamo di averti aiutata e un caro saluto